Die Zeit der Entstehung der Kirche ist bis jetzt mit Sicherheit nicht zu ermitteln gewesen. Der älteste Bestandteil der Kirche ist der im romanischem Stil erbaute Altarraum. Ursprünglich war er wohl eine in sich abgeschlossene Kapelle. Diese war dem St. Niklas geweiht und trägt an einem der östlichen Außenpfeiler das heute noch erhaltene, in Stein gehauene bischöfliche Weihekreuz. Ihre Gründung reicht jedenfalls weit zurück. Denn schon 1311 wird in Cotta die Kapelle in einer Urkunde bezeugt, was auf eine schon längere geordnete, ständige geistliche Versorgung der Gemeinde zu schließen berechtigt.
Die Cottaer Dorfkirche entstand um 1500. Ihr Chor mit dem Kreuzrippengewölbe ist durch einen Triumphbogen vom Kirchenschiff abgegrenzt.
Die Kirche vermittelt heute einen geräumigen, einfachen, hellen, wohltuenden Eindruck. Renovierungen waren des öfteren notwendig. Während früher vordergründig Erweiterungen und Verbesserungen erfolgten, wurden in letzter Zeit nur noch notwendige Werterhaltungsmaßnahmen durchgeführt.
Zu den einstigen Veränderungen zählen ein Orgeleinbau an Stelle eines Positivs (Standorgel) (1679 – 1682), die mit Gemälden geschmückte Kanzel und Empore wurden weiß übertüncht (1718) und die Holzdecke durch eine Rohrdecke ersetzt (1830). 1879 bis 1880 gab es umfangreiche Neuerungen wie einen um 2 m vorgerückten Treppengiebel, die Turmaufgangstreppe zur herrschaftlichen Loge, eine neue Orgel (Eule-Bautzen), eine aus Eichenholz gefertigte, die 4 Evangelisten darstellende, Kanzel, bunte Altarfenster, Altarbekleidung und 2 schmiedeeiserne Kronleuchter. Neues Gestühl, darunter prachtvoll geschnitzte Chorbänke und eine farbige Holzdecke vervollständigten den Schmuck. In der Neuzeit wurde das Dach 1981 neu eingedeckt. Die Wetterfahne mit Jahreszahl 1695, die sich auf dem Dach und nicht auf dem Kirchturm befindet, wurde mit dem Jahr der Renovierung klein ergänzt. Zuletzt mussten die Deckenbalken angeschuht und die Orgel (2008) restauriert werden.
Der Bau des Turmes der Kirche wurde 1618 abgeschlossen. Nach den Vorstellungen des Erbauers sollte dieser anders vollendet werden, jedoch der Ausbruch des 30jährigen Krieges (1618 – 1648) drängte zu einem umgehenden Abschluss. Trotzdem wird der Turm als ein „angebautem starken, hübschen Thurme von ziemlich beträchtlicher Höhe“ bezeichnet. Die erste Restauration erfolgte nach Ende des 30-jährigen Krieges (1655), der öfter Reparaturen folgen sollten, so 1660, wo der Sturm den Kopf und die starke eiserne Spille herabriss, 1773, 1833, sowie 1886, wo der Turm eine elektrische Leitung erhielt. 1693 bekam der Turm seine erste Uhr, 1733 eine neue und 1746 auch eine Sonnenuhr.
Im Turm befinden sich 3 Glocken, als deren älteste die „Kleine“, die Gebetsglocke, zu gelten hat, die wohl einst die Gläubigen schon zur Kapelle gerufen hat und 1703 „ut sociis consonantior redderer“ — wie die Inschrift besagt, von Weinhold in Dresden umgegossen ward; 1660 wurde die „Mittlere“ und 1697 die „Große“ Glocke angeschafft, die 1703 durch Umgießen in Fis-Dur abgestimmt wurde. Weil das Tragwerk und der Glockenstuhl erneuert werden mussten, wurden 2007 die Glocken zur Restaurierung entfernt.
Sie konnten zur Glockenheimkehrfeier am 5. Juli 2008 wieder erklingen und läuten seither wieder um 8.00, 12.00 und 18.00 Uhr. Zwei der Glocken waren kurz vor Ende des 2. Weltkrieges zum Einschmelzen nach Hamburg gebracht worden, um für die Rüstungsindustrie verwendet zu werden. Sie konnten durch glückliche Umstände unversehrt 1950 zurückkehren und in Cotta wieder erklingen.
Die Kirche ist umgeben mit dem ältesten Friedhof, der Totenkapelle und einer Mauer. Zwei weitere Friedhöfe befinden sich oberhalb der neuen Schule. Seit 1580 bewirkten Seuchen viele Todesfälle und so wurde 1597 ein neuer Friedhof notwendig, der sogenannte „Pestfriedhof“ und später der hintere Friedhof, wo die Gefallenen des 1. Weltkrieges eine Gedenkstätte erhielten.
Den Haupteingang zur Kirche bzw. zum alten Friedhof bildet ein Torbogen, den bis 1998 zwei Linden säumten. Sie wurden 1817 zum Reformationsjubelfeste gepflanzt und mussten aus Sicherheitsgründen entfernt werden. Dabei wurde auch die Mauer incl. Torbogen restauriert.
Im Jahr 2011 wurde das Kirchendach neu gedeckt, der Dachstuhl überholt und die Aussenmauern weitgehend trockengelegt. Zum Gottesdienst versammelt sich die Gemeinde im schönsten und ältesten Teil der Kirche, dem Altarraum.
Literaturnachweis: verschiedene Quellen, meist aus „Neue Sächsische Kirchengalerie“ bearbeitet von Günter Zschoppe